Le Taux de Synchronisation est ce qui permet au pilote de communiquer des commandes à l’EVA. Le joueur commence une partie avec un Taux de Synchronisation de 80%. Lorsque le joueur se fait tirer dessus, le Taux de Synchronisation baisse en fonction du type de dommage reçu. Si le Taux de Synchronisation atteint 0, le pilote ne peut plus contrôler l’EVA, alors l’EVA se désactive, ce qui procure un point à l’assaillant. Par contre, le joueur peut également faire augmenter son Taux de Synchronisation de deux manières différentes. Il peut collecter l’Item Dummy Plug ce qui augmente le Taux de 30% mais jamais plus que 100%. Le joueur peut dépasser le Taux de 100% en atteignant un de ses adversaires avec des projectiles, ce qui fait augmenter le Taux de Synchronisation de la moitié du dommage infligé. La limite maximum est de 150% et si le joueur atteint ce niveau, l’EVA entre en mode "Berser", fou furieux. En mode Berserk, l’EVA court plus vite, saute plus haut et tire des balles plus rapidement pour un laps de temps de 30 secondes.

Comme particularité supplémentaire, le Taux de Synchronisation a un impact sur les performances de l’Eva. Plus le taux est élevé, plus l’Eva se déplace rapidement et est plus coriace. Cependant plus le taux diminue, plus l’Eva ralenti et est dommageable.